Wesentliche Gegenstände der Forschungen von Andreas Waczkat liegen in der (vergleichenden) regionalen Kulturgeschichte der Musik vornehmlich des 17. und 18. Jahrhunderts: Aktuell sind das ein Forschungsprojekt zur Repertoire- und Überlieferungsgeschichte der »Lüneburger Tabulaturen«, eines zum Mecklenburg-Schweriner Hof in Ludwigslust 1756–1837 sowie als jüngstes eines zum »Ereignis ›Oper‹ in Braunschweig-Wolfenbüttel«. Diese Forschungen werden durch zahlreiche Kooperationen und Kontakte gestützt. So bestehen sehr gute Kontakte etwa zur Ständigen Konferenz Mitteldeutsche Barockmusik, zum informellen »Musica Baltica«-Verbund, zur Estnischen Musikwissenschaftlichen Gesellschaft und weitere.

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